Het Agentschap Ondernemen vervult verscheidene rollen in het kader van Interreg.
Beheerder en “nationale autoriteit” voor het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling (EFRO) in Vlaanderen
Medebeslisser in de monitoring en selectiecomités van de verscheidene Interreg programma’s
Medeorganisator van operationele structuren voor Interreg programma’s (programmasecretariaten, programmacontactpunten, controle en betalingsinstanties,…)
Toezichthouder op een goede en efficiënte uitvoering van de Interreg programma’s
Ondersteuner van projectindieners en –uitvoerders (hetzij rechtstreeks hetzij via programmacontactpunten en programmasecretariaten) doorheen alles fases van Interreg projecten
Potentiële co-financierder van Interreg projecten die inspelen op economische beleid van de Vlaamse overheid met een economische finaliteit.