Onkosten in het kader van een Interreg project worden voorgefinancierd door de projectpartners. De EFRO subsidiëring wordt pas verkregen na het indienen van periodieke inhoudelijke en financiële voortgangsrapporten bij het programmasecretariaat.
Globaal genomen dienen Interreg projecten 6maandelijks te rapporteren. Per programma zijn er sjablonen opgesteld om een inhoudelijke en financiële rapportering te voeren.
De projectleider (of lead partner) vormt de liaison met het programmasecretariaat. Hij of zij coördineert het rapporteringsproces en zorgt ervoor dat elke projectpartner de nodige input levert.