Interreg is als instrument georganiseerd in meerdere vooraf afgebakende gebieden. Dit zijn gebieden die omwille van hun fysieke en socio-economische kenmerken (of territoriale kenmerken) een zekere samenhang of onderlinge afhankelijkheid vertonen.
Per gebied is een meerjarenplan of operationeel programma opgesteld. Dit omvat de prioritaire domeinen of thema’s waarvoor regio’s en landen behorend tot een gebied nauw willen samenwerken.
Aan een operationeel programma is ook steeds een werkingsbudget gekoppeld. Dit bestaat uit bijdragen die participerende landen en regio’s doen met de middelen die zij uit de EU begroting (Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling) ontvangen.
Interreg kent 3 types programma’s en programmagebieden. Grensoverschrijdende programma’s waarin enkel grensgebieden participeren (Interreg IVA), transnationale programma’s waarbij een cluster van landen og grote delen daarvan samenwerken (Interreg IVB) en interregionale programma’s waarbij landen uit heel de EU27 met elkaar samenwerken. Elk type programma legt – gezien het geografische niveau verschil – eigen accenten.
Interreg programma’s hanteren een gemengde top-down en bottom-up aanpak. Top down omdat de prioritaire domeinen voor actie of samenwerking vooraf op EU en interregionaal niveau vastgelegd worden. Bottom-up omdat bij het vaststellen van prioriteiten en het realiseren van samenwerkingsprojecten gerekend wordt op de inbreng van publieke en private stakeholders.
Via projectoproepen worden geïnteresseerde partijen aangezet tot het indienen en formuleren van projectvoorstellen. Interreg projecten berusten op intense samenwerking tussen consortia van projectpartners. Zij worden ingediend en beheerd door een projectleider (lead partner). Alle projectpartners dragen bij tot de financiering van een project.