Vlaanderen participeert in de volgende 4 grensoverschrijdende, 2 transnationale en 3 interregionale operationele programma’s. De volgende EFRO middelen zijn hiervoor beschikbaar gemaakt voor de periode 2007-2013.
Grensoverschrijdend (IVA)
| Grensregio Vlaanderen - Nederland | 95 miljoen |
| Euregio Maas-Rijn | 72 miljoen |
| Frankrijk - Wallonië - Vlaanderen | 138 miljoen |
| 2 Zeeën | 167 miljoen |
Transnationaal (IVB)
| Noordzee Regio | 138 miljoen |
| Noordwest Europa | 355 miljoe |
Interregionaal
| Interregionaal samenwerkingsprogramma (Interreg IVC) | 321 miljoen |
| URBACT II | 53 miljoen |
| INTERACT II | 34 miljoen |
Het ESPON programma (European Spatial Planning Observatory Network) wordt hier verder buiten beschouwing gelaten. Dit programma maakt deel uit van de groep Interregionale programma’s en ondersteunt de beleidsopmaak inzake territoriale ontwikkeling en cohesie via het verzamelen en bestuderen van territoriale gegevens en dynamieken op EU schaal.