De projecten gesubsidieerd met de kmo-portefeuille worden steekproefsgewijs gecontroleerd door de afdeling Inspectie Economie of de afdeling Economisch Ondersteuningsbeleid van het Agentschap Ondernemen.
Voor de pijler opleiding moeten de inschrijvingen, aanwezigheidslijsten en vormingsattesten en facturen bij eventuele controle kunnen worden voorgelegd.
Voor de pijlers advies, strategisch advies en advies voor internationaal ondernemen moet het adviesverslag, de overeenkomst, de prestatiestaten van de dienstverlener en de facturen tot 5 jaar na datum van de subsidieaanvraag worden bijgehouden. Bij eventuele controle moeten van de stavingsdocumenten een afschrift overhandigd worden.
Het adviesverslag van de pijlers advies, strategisch advies en advies voor internationaal ondernemen bevat de naam van de dienstverlener, de datum en een handtekening van de dienstverlener.
Indien er bij de controle onregelmatigheden worden vastgesteld kan de controle volgende gevolgen hebben: